熒光PCR試劑盒又可以分為探針和熒光染料兩種方法。比較而言，探針雜交技術在原理上更為嚴格，所得數據更為；熒光染料技術則成本更為低廉，實驗設計更為簡便。在選擇實驗方案時要根據實驗目的和對數據精度的要求來決定。
一般說來，應選用口碑較好的經過大量客戶實驗驗證的熒光PCR試劑盒，因為只有選對了試劑盒才能夠做成漂亮的實驗結果來，特別是對于一些珍貴的樣品更不能因為節約一些蠅頭小利而破壞了樣品本身。熒光PCR試劑盒在研發之初就考慮到了一般科研環境中方方面面的影響，例如我們就光照強度、光照時間對本產品的影響做了嚴苛的實驗論證，得到1ml本產品盛裝于1.5ml離心管中放置在光照強度下可以保存12h，超過12h產品性能則會下降。
熒光PCR試劑盒這款試劑盒除了價格適中外，還主要有以下優點：
1、適用于熒光PCR試劑盒反應，可以快速、準確地對目的基因進行定量檢測。
2、在熒光PCR試劑盒中，預先混有SybrGreen，PCR體系配制時只需入模板、引物、ddH2O即可，操作方便快捷。
3、含有更耐高溫并持續穩定，可以維持更多的循環數，提供了選擇循環數更大的空間。更大的Ct值選擇范圍就意味著可以支持微量目的基因檢測，檢測范圍fM-nM。
4、反應的Buffer更適合，使反應的基線更水平，無熒光污染信號。使線性期更陡峭，避免了Ct值的無效浮動。使平臺期更平直。也確保了引物與模板能夠更特異地結合。
5、熒光PCR試劑盒更耐高溫更足量，確保只要擴增反應在進行，目的DNA雙鏈在增加，就有線性強度的熒光產生。
6、dNTPs更足量，確保反應有更高的平臺期熒光信號。
7、Mg2+濃度更適合，確保線性期有爆發式的目的DNA片段合成，提高了線性期反應體系的擴增系數和線性期的長度。
8、更高的儀器適配性，熒光PCR試劑盒染料可以被各大主流儀器的激發光所激發，產生明亮的熒光信號，有利于儀器對信號的捕捉和處理。
